Dans la ville de Sakurami, le Survival game vient de recommencer à nouveau. Durant l'ancienne bataille, Amano Yukiteru en est ressortit vainqueur et a décidé de laisser le troisième monde vivre au jour le jour en se supprimant définitivement pour ne jamais avoir connu son ancienne petite amie, Yuno. Cependant, les évènements en ont voulu autrement. Après que le règne de Yukiteru ait prit fin, le dieu Deus ex Machina, est revenu avec sa petite servante Murmur pour pouvoir reprendre les rennes du jeu. Ainsi le survival game recommence une troisième fois.

C'est encore la ville de Sakurami qui est impliquée dedans. Les joueurs de l'ancien temps sont à nouveau recontactés par Murmur, et donc, la bataille pour devenir dieu peut reprendre. Nous vivons, en ce moment, le Survival game de cette époque où Deus Ex Machina est à nouveau le dieu du temps et de l'espace. Les participants sont plus nombreux qu'aux deux premiers tours, pourtant, le dieu a tout de même remit ses pions en jeu, les 12 joueurs des précédentes éditions. A vous de choisir dans quel camp vous serez, vainqueur, ou perdant dans cette guerre, où le principe est de tuer tous les propriétaires de chronographe pour devenir Dieu tout puissant.